Im Unterschied zu den Analoga sind die Moleküle von bioidentischen Substanzen identisch mit den natürlich vorkommenden. Auch diese werden heutzutage mit modernen chemischen Verfahren (teil)synthetisch hergestellt. Dies macht für die Wirkung im Körper keinen Unterschied, da diese sich chemisch exakt so verhalten wie die im Körper produzierten Substanzen.
