Im menschlichen Organismus entsteht Wasserstoffperoxid bei zahlreichen biochemischen Prozessen. Der Organismus synthetisiert es aus anderen, reaktiven Sauerstoffmolekülen oder Radikalen, beispielsweise durch die Superoxiddismutase. Das entstehende Wasserstoffperoxid wird intrazellulär im Bereich der Peroxisomen durch das Enzym Katalase abgebaut und damit chemisch inaktiviert.