Krankheitserreger (oft auch als Keime bezeichnet) sind Lebewesen oder subzelluläre Erreger, die in anderen Organismen gesundheitsschädigende Abläufe verursachen. Krankheitserreger können Algen, Bakterien, Parasiten, Pilze, Prionen, Protisten, Viren oder Viroide sein.

Manchmal wird anstelle des Begriffs „Krankheitserreger“ der Begriff Pathogen verwendet. Allerdings hat das Adjektiv pathogen eine allgemeinere Bedeutung. Auch schädliche Stoffe (Gifte) und ionisierende Strahlung können im Sinne von „Krankheitsauslöser“ als Pathogene bezeichnet werden.