Eine Dysbiose beschreibt das Ungleichgewicht von verschiedenen Bakterien in einem bestimmten Körpermilieu. Obwohl die Begriffe Dysbiose oder Dysbakterie theoretisch für alle bakterienbesiedelten Körpermilieus verwendet werden können, also z. B. auch für den Mund, die Haut oder die Scheide, beziehen sie sich in den meisten Fällen auf den Darm.