Die Begriffe Mikrobiom und Mikrobiota bezeichnen im engeren Sinn die Gesamtheit aller den Menschen oder andere Lebewesen besiedelnden Mikroorganismen. Die meisten Zellen, die im menschlichen Organismus vorkommen, sind keine Zellen eines Vielzellers, also normalerweise menschliche Zellen, sondern mikrobielle Zellen (Zellen von Mikroorganismen). In absoluten Zahlen wird ein erwachsener Mensch von etwa 1014 (100 Billionen) Bakterien besiedelt, diese überwiegend im Gastrointestinaltrakt.